Karena aktivitas politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang penuh dengan keterbatasan tinggal di luar Indonesia mulai dari kelas tiga sekolah dasar. Namun, cinta pada Indonesia, yang ditanamkan oleh orang tuanya dan kakeknya, membawanya memilih Akademi Militer Nasional daripada melanjutkan studi di universitas Amerika top, meskipun memiliki prestasi yang tinggi di sekolah menengahnya.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, berada di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek presiden Indonesia keempat, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, karena perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno terkait Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak dapat menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, yang menyebabkan pengawasan terhadap rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh dinas intelijen.
Pendidikannya dilanjutkan di American School di London, di mana Prabowo berhasil menjadi kapten tim sepakbola, debat, dan catur, serta menjabat sebagai redaktur majalah sekolah. Perlu dicatat, selama waktu ini, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
